Джирайя рождается примерно за 50 лет до начала сериала. Он оканчивает академию Ниндзя в восемь лет и становится Генином в команде Сарутоби. Его товарищи по команде Тсунаде и Орочимару.
После его обучения он покидает Конохагакуре, что бы на горе Мёбокузан обучаться Сендзюцу под руководством Фукасаку. Там он заключает пакт с семьёй жаб, что бы призывать ее членов. В один прекрасный день, одна из жаб, Оогамасеннин, высказывает Джирайе пророчество: Джирайя станет невероятно талантливым и в то же время извращенным Шиноби. Однажды он возьмет ученика, который принесет миру спокойствие, или уничтожит его. Кроме того Джирайя будет много путешествовать и напишет книгу. Так же ему придется сделать трудный выбор, который повлечет за собой или спокойствие или уничтожение в мире.
Джирайя покидает гору, что бы вновь вернуться в Коноху, находящуюся в войне с Амегакуре. В этой войне он сообщает Тсунаде, что ее брат Наваки мертв, и отправляется на миссию со своими бывшими товарищами по команде и еще несколькими Шиноби Конохи. Цель миссии - битва против Амегакуре и Ханзо. В конце сражения на поле боя в состоянии двигаться только трио из Конохи и Ханзо, который объявляет, что битва окончена, несмотря на то что у него было преимущество. Он присваивает им трем звание Саннинов.
Джирайя тренирует Сендзюцу
На обратном пути в Конохагакуре Саннинам встречаются три сироты: Яхико, Нагато и Конан. Они просят что бы те дали им немного поесть и обучили искусству Ниндзя. Джирайя решает дать им и то и другое следующие три года занимается с сиротами. В это время Джирайя обнаруживает Риннеган Нагато, и по этому держит его за дитя из пророчества. Позже он разговаривает с Нагато и ему удается превратить его отчаяние в храбрость. После этого он возращается в Коноху и становится Сенсеем Намиказе Минато, который его позже обучает Расенгану.
После того как Орочимару предает деревню, Джирайя собирает остановить его. Разгорается битва, в которой Джирайя проигрывает, но выживает. Вступление Орочимару в Акацки заставляет Джирайю собирать о ней информацию. Между тем он пишет книгу, о которой упоминал Оогамасеннин в своём пророчестве. Он представляет ее своему бывшему ученику Минато и тот восторжен ею и называет своего сына именем героя книги, Наруто. После чего Джирайя становится крестным отцом Наруто.
